學甲慈濟宮主祀神明保生大帝，其信仰源自福建，乃中國大陸東南沿海一帶廣受崇拜的醫神。上白礁是由於過去交通不便無法返回中國的祖廟謁祖，因此選擇在將軍溪畔遙祭祖廟，稱為上白礁。「學甲刈香」是由「上白礁」繁衍而來，早期的「上白礁」僅係其轄域的一種神明祭慶，大抵在1981年前後，始變成今日全臺聞名的盛大廟會。
中壇元帥，俗稱三太子、太子爺，是統帥五營，守護廟宇與聚落的神明。中壇元帥原為印度神明毘沙門天的兒子，傳自中國以後成為封神演義中年紀雖小但驍勇善戰的神明。慈濟宮內奉祀三位太子神像，分別為金吒、木吒與哪吒。
