「目」與「墨」的臺語「ba̍k」發音一致，因此造成書寫選擇之異。讓後人誤以為「目嶼」與「墨嶼」兩者一南一北，實為指涉同一個島嶼，也就是今日吉貝北方的目斗嶼，該處自18世紀中期，已為吉貝居民的漁業場域，或石滬捕魚或冬季採集紫菜。過去因發音和書寫名稱不同之故，使得目斗嶼有不同的名稱，甚至是錯誤的記載。如：在《重修臺灣府志》中，此書顯然參考之前的方志，然而卻對澎湖島嶼的地理形勢一知半解，張冠李戴，將同一個島嶼「目嶼、墨嶼」視為兩個，南北各塞一個。「丁字門嶼與小門澳」，也是相同的情形。