澎湖地區強風、少雨、土壤貧瘠，即使擁有豐富的漁產，然而地處偏遠且土地面積小，古時鮮少受到史家重視。宋、元時期出現少數文獻記載，如毗舍耶入侵平湖，和《島夷志略》內的記述。至明末清初，始被紀載於志書等史籍文獻中。澎湖地區的考古最早可以追溯至二十世紀初的日本學者伊能嘉矩，國內的學者於光復後亦展開了數次的考察與挖掘。根據考古團隊的研究發現，澎湖最早的古文化是大約距今5000年前的「粗繩紋陶文化」，該文化以粗繩紋裝飾的陶器和各式石器、骨貝器等為特色。「細繩紋陶文化」接續其後，約距今4500年前，此時期的文物在島上有廣泛的分布，並以最具代表性的遺址「鎖港期文化」稱之。稍晚出現的是「素面紅灰陶文化」，約距今4000-4200年之間，以石製網墜及無文飾的陶器為特色，最具代表性的遺址為「赤崁頭期文化」。此三個時期之後，就未再出現其他的史前文化。