用今日概念理解，清領澎湖設巡檢、通判，其身份即澎湖縣長，其官署即澎湖縣政府。

清領澎湖康熙22年 - 光緒21年，共212年。文職最高官，康熙23年 - 雍正4年設巡檢（從九品，共12任），雍正5年 - 光緒21年改設通判（正六品，共117任）。

巡檢和通判的官署，1 - 12任巡檢、1 - 114任通判，即康熙23年 - 光緒14年共205年，設於文澳（今西文里城隍廟後方）。114 - 117任通判，即光緒15年 - 21年共7年，移設媽宮城內（天后宮西鄰港指部）。