澎湖的島嶼數量眾多，除花嶼之外，其餘各島由玄武岩和沉積岩形成。澎湖群島的岩層頗具特色，其中又以由三層玄武岩和兩層沉積岩夾層所組成的漁翁島最具代表性，故學術界將澎湖此類岩層命名為「漁翁島層」。各島在水面上露出的岩層各不相同，以漁翁島為例，由上而下依序為：柱狀玄武岩、上部沉積岩、多孔狀玄武岩、中部沉積岩和水面附近的亞多孔狀玄武岩。若以更細緻的視野切入，則能分為：粗粒玄武岩、上部緻密玄武岩、最上部沉積岩、下部緻密玄武岩、紅色壤土和頁岩及火山碎屑岩、上部沉積岩、多孔狀玄武岩、中部沉積岩、亞多孔狀玄武岩等。澎湖屬淺海的火山島，從過去的研究中能夠發現，在屬沉積岩的砂頁中有螺貝化石及海洋生物的化石痕跡。