本文係承前文〈澎湖群島閩方言調查與研究方法的初步分析（上）〉，探討「比較語言學」和「語言地理學」的學說差異，並進一步針對澎湖地區方言研究做出建議與提醒。作者將方言地理學的基本原則與方法歸為三點：1.語言分類與地理分布情況有一致性。2.除了有「鄰接區域」、「邊境殘存」、「固有變化」三項原則之外，對於解釋「例外」產生的因素也是重要的。3.涉及分布類型的問題需加以解釋。此外，方言研究須尋找一套客觀並得以檢驗迥異術語系統的思考步驟及方法，過程中則須反思方言地理學可能遭遇的難題。