清末，南澳館因官方興建澎湖城而被迫拆遷，導致勢力下滑。日治初期又被占用作為「媽宮警察署」，南澳館董事王順、李燕雖然聯合其它三館試圖振衰起敝，但以時不我予。明治34年（1901），南澳館所陳列之家屋建物，並無香油店掌管生息。雖有數軒伙房，只為伙房之人於內居住，奉祀伙房神像之香火耳。現今的南澳館，更僅剩下一角斷垣殘壁。茲將日治初期南澳館名下之產業臚列如左：新伙房：前媽宮辦務署用鹿耳門伙房：元借賃借民屋，金質典北町一丁目劉川水之家屋，以奉祀該伙房香火也。文倉後伙房：西町二丁目今郵便電信局後。所內伙房：西町二丁目葉春連現住屋前東側，所內、安吉二軒聯絡。安吉伙房：仝上。大館伙房：光緒十四年，因建鎮署時被用無資再置，故廢置至今 （元南澳館後進）。