明治28年（1895）3月26日，日本於澎湖設置「澎湖列島行政廳」。日軍利用清朝澎湖鎮總兵官署為行政廳之廳舍，由海軍少將田中綱常擔任行政長官，展開對澎湖的殖民統治。日治初期，由於辦公官廳不足，廟宇宗祠常成為被徵用作為官舍之用，也因此於明治29年（1896），日本政府已完成調查這些具有公共性質與官方色彩的廟宇、宗祠或官方廳舍，並進一步占用。例如，明治31年4月（1898）的調查資料顯示：隘門劉氏家廟作為「隘門辦務署」、赤崁龍德宮成為「澎湖島國語傳習所大赤崁分教場」、媽宮風神廟充作「媽宮辦務署」等。由清代班兵所建立的伙館廟，更是難逃此一命運。銅山館是「澎湖島郵便電信局」，海山館為「澎湖醫院」，南澳館為「媽宮警察署」，海壇館成了「媽宮警察水上分署宿舍」，提標館則作為兵器支廠。面對館產被政府占用，這些班兵的後裔心有不甘，遂以提標館葉伯楨為首，於明治33年12月（1900）聯名向政府提出歸還舊有產業之請願：「自帝國領地以來，四館皆有官而借用，民皆緘默，因思帝國政府告示煌煌，官業即歸官掌之，民業即歸有主掌之，足見政府之以德愛民，無偏無頗，有如是矣。」