澎湖漁業所面臨的重大危機分別為：非法濫捕、棲地破壞。明、清時代是澎湖漁業最盛的時期，至光復後，在漁船機動化、漁撈機械化、作業省力化、航行自動化等進步之下使漁獲量大增，卻也忽略的資源的管理，以及漁業資源危弱、敏感的特性，造成澎湖漁業資源嚴重衰退。漁業資源不外乎「補」、「養」、「水產加工」等方面，在「補」的方面：一、在近海方面，加強取締非法濫捕、潮間帶禁採砂石與珊瑚、水質保護、確保漁場生態與資源充足、加強生態與法紀觀念的灌輸、對丁香魚扒網漁具漁法現有經營方式改進檢討、關注大陸漁船入漁澎湖海域、避免強光集魚捕撈、加強沿海與近海生態環境調查及漁場探勘、推展栽培漁業實施種苗大量放流等10項建議。在「養」的方面：養殖牡蠣並避免扁蟲侵害、結合觀光與訂定相關管理程序培育外海箱網養殖作業、海藻養殖。在水產加工方面則應以設立水產加工專業區及物流中心並調節產銷、設置「海產街」或「假日魚市」以活絡產業、加強新產品生產技術的開發為重。