據《馬公市各里人文鄉土叢書》所載，烏崁水流公祠是早年一位唐山流浪漢到烏崁做長工，幾年後帶著存積的工錢準備返鄉過年時，卻被不懷好心的洪姓主人害死在海上。事隔幾十年後，洪姓主人的孫子突然身染重病而四處求醫，後經臺灣的神明指示，說是以前的長工死不瞑目，要求雕塑金身祭祀，洪家後人因此在民國60年（1971）興建「水流公祠」來奉祀長工的冤魂。目前的廟舍於民國86年（1997）重修，面積很小，只有1坪半大，高約1公尺，其後民國106年(2017)又重修一次。廟裡懸掛的八仙彩，與一般民宅用的八仙彩相同，上書金玉滿堂字樣。