「日本基督教臺灣教團」，成立於1944年（民國33年）4月29日，聯合日人之前已合併的日本基督教團臺灣教區、聖公會、臺灣基督長老教會，地點在臺北市幸町日本基督教會，教團統理人為上與二郎。

　

　　日本基督教在臺傳道的開端，為甲午戰爭後，組織基督教一致會，無論派別、凡基督信徒均可參加。又有中村慶治從軍來臺、退伍後自願留臺傳道，並常從基隆到臺北與馬偕博士出遊；1896年（明治29年），河合龜輔牧師由基隆上陸後，及受基督教一致會歡迎。

　

　　1943年（昭和18年），由上與二郎牧師的慫恿，成立臺灣基督教團，2月25日在彰化召開總會，真正的基督長老教南北合一運動，至此實現。會中，上與二郎致詞：「本日之總會就是他日教團之預備。」由此可知，這次的合一，並非出自本地教會的本意，而是為了日本政府更容易管制，為了日後「日本基督教臺灣教團」鋪路。

　

　　「日本基督教臺灣教團」由於帶有政治色彩，與日本政治同命運，在世界第二次大戰戰敗後，同時結束。教團統理人上與二郎，戰後，應臺灣教會的要求，在1945年（昭和20年／民國34年）10月2日正式宣布「日本基督教臺灣教團」解散，並將從臺灣教會所侵占的機構、資產退還原主。

　

　　教團解散後，日人被遣送回國，故一切日人教會均被關閉。長老教北部教會，獲加拿大宣教師劉忠堅牧師的協助，接收日人教會、改設長老教會；基隆市長老教會葉金木牧師，被傳道局派往接收日本聖潔教會，建設臺北東門教會並駐任。

　

　　戰後，臺灣的基督教乃恢復長老教一派專屬，基隆市也如此。