臺灣現代司法制度起源於日治時代，而臺南地方法院借用本來是明鄭時的軍營，也是連橫的故居作為院址，是全臺現存歷史最悠久的大型法院建築，見證臺灣司法史，審理過日治時期重大案件「西來庵事件」與「土庫事件」。

國民政府來臺後，臺南地方法院更名為臺灣臺南地方法院，依照法院組織法的設置，負責第一審的民事、刑事、非訟等案件。因為臺灣臺南地方法院舊址太狹窄，雖然經過修繕但還是不敷使用，2001年將法院搬遷至新址安平五期重劃區。舊址重設為「司法博物館」，於1991年被內政部指定為二級古蹟，供民眾參觀司法歷史文物。