基隆築港「第二期工程」，期程自1906年（明治39年）開始，到1912年（大正元年）為止；地點在基隆港，工程費共620萬日圓。 經此工程後，港內可容納船隻，為3,000至10,000噸級輪船12艘。

　　基隆築港「第二期工程」所完成事項：

　　（一）完工的碼頭：一至四號碼頭（1906年10月–1912年12月，明治39年10月–大正元年12月）、仁愛區淺水碼頭（1908–1909年，明治41–42年）、港東街淺水碼頭（1908–1910年，明治41–43年）、中正一路淺水碼頭（1910–1911年，明治43–44）。

　　（二）本期的浚深為「第一期工程」的擴張工程，將北邊的航道控深，並將泊地、碼頭及船渠挖深，擴展水域的面積，共控砂土約269萬立方公尺。

　　（三）1909年（明治42年）9月開始鑿除位在港中東邊的鱉母島，1911年（明治44年）6月竣工；1910年（明治43年）1月開始整除位在港中西邊的鱉公島，1911年（明治44年）9月竣工。2島的海平面以上，以人工鑿除，海平面以下，則用碎岩船鑿除。

　　（四）鑿除鱉母島的土石，投入其東南邊的海埔（今中正路、義一路、義二路一帶）；鑿除鱉公島的土石，除部份填築陸地外，其餘都運到萬人堆鼻附近海中，填築小基隆至二沙灣等地的沙灘。

　　（五）疏浚旭川運河、田寮港運河，2運河皆開工於1908年（明治41年），並在1909年（明治42年）完工。旭川運河長392.4公尺，田寮港運河長145.4公尺。

　　（六）1911年（明治44年）5月興建仙洞防波堤，以阻擋港外風浪對內港的衝擊，同年9月完工。

　　（七）1911年（明治44年）興建第二、三、四號倉庫，1913年（大正2年）完工。