長庚蔘藥行第一代張庚（1888-1960）因舅舅開設藥舖而對漢藥深感興趣，兒時常跟母親回娘家，便在舅舅身邊認識藥材，研讀醫書。日明治40年（1907），以自己姓名（「張」字去掉弓字旁）於建國路（今民權路一段，東門圓環附近）一帶開立長庚堂藥舖，至今（2019）中藥事業已延續百年。
張庚之子張耀燦（1922-2004），在家排行三男，從小跟隨父親學習，也愛讀各種醫療書籍，10多歲即會看診，對《雷公炮炙論》尤有心得，重視炮製。二戰期間因空襲頻繁，張庚全家「疏開」到關廟避難，長庚堂藥舖也遷到關廟。民國49年（1960）張庚逝世後由二子接掌，民國94年（2005）才歇業。
張耀燦成家後，約民國43年（1954）於關廟龜洞開業，因同一縣市不能有二家同名藥舖，遂自創回春藥舖，並先後在關廟龜洞、高雄阿蓮等地看診。民國46年（1957），張耀燦搬回臺南市建國路（今民權路一段）東菜市旁邊，此時已與關廟長庚堂藥舖分屬臺南縣市，張耀燦便恢復長庚堂藥舖之名。民國62年（1973）遷到府前路，當時流行人參，故更名長庚蔘藥行。民國75年（1986）落腳大同路現址（復興市場巷內）。
長庚蔘藥行現由第三代張庭禎（1960年生）接手，秉持父親教導，嚴選道地藥材，重視貯藏環境，恪遵古法炮製。他描述傳統自製藥丸，需先用腳踩像車輪的碾盤，將放在碾槽內的乾燥藥材磨成細粉，再於石臼內與純龍眼花蜜攪拌均勻，用木棒搥打至Q彈，再手搓成丸，表面還需上苦茶油以避免沾粘，工序繁瑣，直到1970年代以後才由各式機器代替。而龜鹿二仙膠則需先浸泡龜板、鹿角去除雜質，再熬煮七天六夜，此時需全家分工，輪流看顧鍋子，避免燒焦，最後去除雜質，淬煉成膏，再於鐵盤風乾成型，最宜在大寒時節製作。
張庭禎之兄張仲景原也在圓環邊開設金庚中藥行，後因去世而歇業。