甘本堂第一代陳清吉，人稱「牛奶吉」，最初於頂打石街（今民生路）開設「清吉牛乳販賣」，同時將賣剩的牛乳和麵粉製成點心。陳清吉曾因1915年（日大正4年）發生的「噍吧哖事件」受到波及被判入獄，出獄後，因身形佝僂，體力無法負荷再送牛乳，便將牛乳店交由其第三子陳本立負責，更名為「甘本堂」，並向「甘泉堂」師傅學習製菓技術，販售なまがし、まんじゅう、及羊羹等日式點心，在當時臺灣人開設的餅舖仍以漢餅為主的市場環境下，甘本堂獨樹一格，為當時少數臺灣人開的菓子店，因而風光一時。
傳至第三代陳茂雄之時，因大環境與民眾飲食習慣的轉變，和菓子引不起消費者興趣，遂轉型做起西點麵包，也回頭再做漢餅，且隨著臺灣經濟起飛，走過一段黃金歲月。
2000年以後，因大賣場崛起，販售多樣且廉價的西點麵包，甘本堂難敵大環境的變遷與難以突破瓶頸，而於民國95年（2006）一度歇業，直到第四代陳奕彰接掌後整修店面、擴增設備後才再度啟業。陳奕彰憑藉其完整的資歷與集臺、日、西各式糕點於一身的好手藝，致力於研發新口味的西點麵包而令甘本堂走出一番新契機。
如今，儘管老店創新，甘本堂卻不忘傳統味，仍維持半和風半西式的糕點，也保留了上一代的和菓子與克林姆（Cream）麵包，希望老店仍要有老滋味，持續走向下一個百年。