馬祖民間信仰屬於漢族閩東文化，鄉親在家中設立神龕祭拜原鄉神明，或者在村中設立廟宇，以祈求家族人丁興旺、健康平安、財源廣進。

根據原典創思規劃顧問有限公司執行國家文化記憶庫訪談，本身為道士、從事道教研究的陳柏儒先生觀察，一般馬祖廟宇設三開間，由左門進、右門出，依照前朱雀、後玄武、左青龍、右白虎的傳統思想，順應漢人廟宇座北朝南的風水觀念。白虎主血光，所以進廟從龍門進、虎口出以解厄運，為祈福的寓意。

民俗比較繁瑣與複雜的儀式，都是對於神的敬仰。進廟拜拜前會先燒馬祖特有的黃錢，以黃錢淨供品、淨身，表示敬神，解除掉晦氣後再點香敬拜。通常進廟先到廟外拜玉皇大帝，再拜主神，神明座位有大小之分，以左為大，廟方會建議祭拜順序為左─右─左─右，但為方便與流暢性，先拜完左邊再往右邊祭拜。以及閩南廟宇會攔中門，保留給神走的通道，以示對神的敬重，而馬祖廟宇因東北季風氣候等因素，廟宇建築多設兩側開門，較少有此項習俗。