馬祖早年各村都有「神媒」替村民處理超自然性事務，但因神媒通常年紀較長，神靈多次附身，對他們體力造成負擔，在老人逐漸凋零下，神祇示意漸從附身轉而以輦轎為媒介，於是「扛乩」迅速擴散至各村落廟宇。
北竿的玉封蕭王府是北竿扛乩文化的源頭，約在清末光緒年間傳入。早期由於島上物資缺乏，一開始只能用竹椅來充當神轎，後演變為木製神轎。扛乩儀式是由信徒請神降至輦轎，向祂訊問事宜，以尋求解答。儀式由一組工作團隊來擔任，「桌頭」負責對神輿在供桌上寫字畫圖加以解讀；「乩將」（或稱轎腳、乩將）則負責抬神輿、並輔助示意。馬祖位在中國大陸邊緣，自古孤懸海隅，加上早年衛生醫療條件落後，民眾舉凡生老病死，生活中的種種疑難雜症，無不需要祈問神明，而祭祀迎神、扛乩問事，也成為常民文化中重要的一環。由於扛乩的信仰方式，居民認為十分靈驗，逐漸被北竿各廟宇傳習，成為廟會活動的共通主軸，每年元宵擺暝會香時，各境廟神轎靈動相聚盤旋，形成獨特的神際交流與扛乩文化，因此扛乩文化對馬祖而言，不只是單純的宗教信仰，也是一種新陳代謝的社會機制，聯繫各村人際關係的社會網絡。
