蘇厝長興宮主祀玉敕代天巡狩十二瘟王，是一座典型的瘟王廟，奉祀張、余、侯、耿、吳、何、薛、封、趙、譚、盧、羅十二府千歲爺。蘇厝長興宮的瘟王祭為七朝王醮，每逢丑、辰、未、戌年舉行，祭典儀式強調千歲爺的崇高不可侵犯，外人無法窺見，有強烈的神祕感，祭祀儀禮遵循傳統禮儀，設置王箱迎請王爺、由在地匠師打造的木製王船，深具在地特色，體現了蘇厝王爺信仰與地方的交融關係。

蘇厝長興宮奉祀十二瘟王，由於十二瘟王未知其形象，且為凸顯十二瘟王之崇高身分，因此不塑金身，大殿神龕內僅奉祀三支王令，且僅書寫玉敕代天巡狩，代表其無上權威。