蘇厝長興宮主祀玉敕代天巡狩十二瘟王，是一座典型的瘟王廟，奉祀張、余、侯、耿、吳、何、薛、封、趙、譚、盧、羅十二府千歲爺。蘇厝長興宮的瘟王祭為七朝王醮，每逢丑、辰、未、戌年舉行，祭典儀式強調千歲爺的崇高不可侵犯，外人無法窺見，有強烈的神祕感，祭祀儀禮遵循傳統禮儀，設置王箱迎請王爺、由在地匠師打造的木製王船，深具在地特色，體現了蘇厝王爺信仰與地方的交融關係。

媽祖旗上書寫「天上聖母合境平安」在請舟參之後設置。王船揚帆時升起，由於媽祖是海神，因此升起媽祖旗為求媽祖保佑海上平安。