蘇厝長興宮主祀玉敕代天巡狩十二瘟王，是一座典型的瘟王廟，奉祀張、余、侯、耿、吳、何、薛、封、趙、譚、盧、羅十二府千歲爺。蘇厝長興宮的瘟王祭為七朝王醮，每逢丑、辰、未、戌年舉行，祭典儀式強調千歲爺的崇高不可侵犯，外人無法窺見，有強烈的神祕感，祭祀儀禮遵循傳統禮儀，設置王箱迎請王爺、由在地匠師打造的木製王船，深具在地特色，體現了蘇厝王爺信仰與地方的交融關係。
合舟參時，由建醮會首、巡按官等執事人員參與，眾人將六寸方形榫釘以斧頭由榫位釘入，同時唸「天泰地泰合家康泰，人安神安合境平安。」，之後由點舟參者敬酒，並將盛有曾文溪水的水壺於周邊灑繞一圈，此一合榫的技法，目前僅有長興宮擁有。
