創建後，經清代乾隆38年（1773）、日治時期明治41年（1908）、大正3年（1914）歷次修葺、又於昭和12年（1937）遷建於現地。 劍潭寺原址位於臺北圓山基隆河北岸，坐西北朝東南，背山面水，風景秀麗。它是最早出現於清代方志中之臺北盆地古剎，相傳創建於明鄭時期，且有關於鄭成功與劍潭之傳說，香火鼎盛。歷經清乾隆38年（1773）及清道光24年（1844）重修，規模漸趨宏偉，至大正12年（1923），由名匠陳應彬主持大修，格局擴為三殿式，中殿為八角形，左右設置鐘鼓樓，廟貌極為華麗。但至1940年，因其址靠近日人所建之臺灣神社，乃被勒令拆遷至大直今址。現存之劍潭寺係將原舊廟之木、石建材混合而成，雖只剩一殿，但其龍柱及藻井仍極精美，且廟方陳列保存許多原有石雕與木雕，頗富歷史文物之價值。劍潭寺建築主體外觀以大量木造（#b2664b）與灰色（#c3b5a0）與（#d0d2cf）石造結構組成，呈現建築外觀顏色。