御廟所，地窖為1933年前大殿舊臺基殘蹟，以銅板葺成重簷屋頂，上有九重相輪，前方為圓弧形之「唐門」，面積約416.5m2，於1975燒毀，僅存臺基與存放骨灰之地下室。日據時期之西本願寺為當時臺北乃至臺灣最大之日式佛寺，與東本願寺、臨濟護國禪寺、曹洞宗佛寺等共同為當時重要佛寺之建築代表，目前仍留存本堂臺座遺跡、地窖臺座、參道、鐘樓、樹心會館、輪番所知當時完整配置狀況，乃了解日據時期佛寺建築之重要資訊，具稀少性及宗教學術之保存價值。地窖為1933年前大殿舊臺基殘蹟，具保存價值。現況而言，地窖年久失修，多以碎磚與碎瓷為主，呈現淺灰色（#95a4b7）。