然而，此地海潮凶險莫測，「虎井沉城」難以讓一般人靠近一探究竟。「虎井沉城」的神秘面紗卻也吸引中外的目光，各種揣測多有。1982年臺灣潛水界名人謝新曦與蘇淵曾率領2組潛水隊，在聯合報系的贊助下入海探險，發現海底有南北向石牆﹐高出海底約3米。1996年，日本人得到政府的同意，邀請謝新曦再到虎井潛探石牆，又發現有東西向石牆，與南北向的石牆成直角，形成十字型城郭狀構造物﹐並在北端有直徑20米的圓形構造物。這些潛探成果多有披露，有的認為是澎湖玄武岩地質所形成的自然構造；大多數認為是人為的建築。遂有認為「虎井沉城」是隋代建築，有的認為是荷蘭人所築的紅毛城。各種臆測天馬行空出現。臺大黃士強教授則以為，澎湖萬年以來，地殼並無重大變動，唯一的變動是在冰河期之前，約距現在12,000年到80,000年間，海平面比現在低約106米。台灣海峽當時是陸棚，而澎湖海溝也許多撈獲古生物化石、石器等，近年來更有澎湖原人的考古新發現，此地曾是陸地早為學界所確認。黃教授也推斷虎井海底沉城﹐極可能在冰河時期建造於陸棚上。