澎湖最早的神社位於今日天后宮後方的高地上，為台灣神社遙拜所，主要奉祀征台陣亡之北白川宮能久親王等人。日治時期，在馬公市區漸次發展後，空間逐漸不敷使用。昭和3年（1928）2月11日澎湖神社動工(今縣立游泳館一帶)，同年11月8日完工，同年舉行遷座式將原本奉祀在遙拜所內的神位遷於新址，昭和9年（1934）升格為縣社。
除此之外，七美有一處小地名也稱為神社，神社位於七美中和村山頂水塔（中和社區活動中心後）的高地上，神社坐北朝南，周圍以玄武岩建成牆垣，牆垣內種有黃槿樹。地方民眾指稱興建於日治時期，其確切的時間則不詳。1937年4月5日《臺灣日日新報》報導，當年街庄協議會計畫在西嶼庄、望安庄興建神社，七美神社或許興建於1937年日本發動二次戰爭之後，藉以透過宗教力量，轉化民眾成為效忠天皇的子民。興造方式以徵召地方民眾，每戶皆須派出一名壯丁參與神社興建。神社完成之初，由於地方缺乏集會場所，遂以此神社作為開會討論的地方。當時，進入神社之民眾，皆需膜拜後，再行會議討論。當地民眾雖稱此地為神社，然應只是一處簡易的遙拜所。