東衛天后宮最初時期，舊名本來被稱「同公宮仔」，創建年代已不可考。據稱是當時居民在海邊撿到的一尊神像，本來是建一座小廟來供奉，當時因為「同公」是小神，文武官員經過廟前都不予行禮，乾隆37年（1772），才改奉媽祖為主神，也改稱為「天后宮」，並增祀城隍爺來提高位階。到了道光13年（1833）又增祀巧聖先師、周府王爺、姜太真君等神尊，逐漸形成地方公廟。該廟體，曾與民國56年（1967）及民國93年（2004）改建。

目前所見為改建後最新面貌。