倒風內海故事館位於麻豆古港文化園區內，十五世紀時這裡曾經是內海，中國漁民和商人都來到這裡，和西拉雅人進行生意往來。彼時，商船雲集，貿易繁盛。麻豆古港除了有碼頭，還有預言會出天子的龍喉，傳奇性十足，區內處處古蹟，故事館展示當地的出土文物，說一個有關倒風內海的故事。
7世紀的倒風內海有四大港，包括鹽水港（月津港）、鐵線橋港、茅港尾港及麻荳港，麻荳港就位在今日的水堀頭遺址。根據康熙五十六年（1717年）編撰完成的《諸羅縣志》記載，麻豆港港道在1755年淤塞。
2006年，麻豆水堀頭遺址經審議指定為「縣定遺址」，同時規劃為「麻豆水堀頭古港暨水堀頭史蹟文化園區」，重現蔴荳古港的港區水域與碼頭貨棧場、古井、鳳池、龍喉遺跡及平埔族蔴荳社場景。
園區內的倒風內海故事館看起來有些歪斜，牆面設計成波紋狀，希望表現出船隻在風浪中航行的意象。全館共有三個樓層，一樓為出土文物展示區及倒風內海情境體驗區，二樓是麻豆港傳說及考古典藏室，三樓則是倒風內海故事區。