南部科學園區不但是臺灣重要的科技重鎮，同時也是目前臺灣遺址密度分布最高的地區。國立臺灣史前文化博物館南科考古分館，於108年10月19日正式開館營運，展示南科地區自新石器時代以來從地底挖掘出土的古文，時間橫跨5000年。

南部科學園區自1995年起進行地基探勘時就發現地底下蘊藏了數量驚人的文化遺址，歷經十多年的挖掘，發現六個考古文化層，從年代最早的大坌坑開始、依序為牛稠子、大湖、蔦松、西拉雅、及明清漢人文化，年代從4800年前到200年前，出土文物種類繁多，數量超過百萬件，當時受限於空間及保存設備，就先暫時在園區內的標準廠房成立「南科考古文物陳列室」存放。

經過多方爭取，行政院終於在2007年核定興建南科考古館，並於2014年開始動工興建，2018年12月26日試營運。