「臺南市區漁會魚市場」位在安平。根據《續修臺南市志》卷四〈經濟志〉工商業篇記錄：「臺南市批發魚市場原有兩處，一在市區運河南街，民國40年依省府規定，由臺南市漁會經營；一在安平港附近，安平區漁會經營。」
昔日臺南市魚市場批販沿海魚貨及魚塭魚類，直接消費者或各市場零售商於每晨在此承買魚貨，市場設「拍賣人」執行拍賣職務， 後來因面積僅200坪，場地不足，民國60年代初期即議遷建；安平魚市場僅120坪，且佔用安平觀光道路，於民國64年(1975)11月28日遷建落成，新魚市場185坪。
日治時代初期，根據《臺南市場沿革誌》紀錄，臺南開設了諸多「魚菜市場」，清楚的指出當時市場是販賣魚蝦海產。後來設立了西市場，魚市場與西市場的關係密切，日大正元年(1912)「漁業會社」即在西市場內辦公，當時輕便車由安平與臺南運河載運著大量魚貨，沿著軌道送進西市場進行分貨、批發、販售。另，在西市場的場域內，日昭和10年(1935)出現「臺灣漁業株式會社」。
當時日本政府建立了魚市場的「拍賣制度」，規定每一鄉鎮區域只設魚市場一所，並限定以公眾機關之公共團體或產業合作社為經營主體，所以臺南亦設立漁業合作社後，始由合作社設立共同販賣所，其經營方式與一般魚市場大致相同。
終戰後的魚市場體制更為完善，根據「臺灣省魚市場管理規則」，至此消費地魚市場由鄉鎮公所及縣魚會合組魚市場管理委員會經營業務，生產地魚市場則由當地鄉鎮漁會經營。
所以民國40年代，在臺南市區的魚市場設有二處，直到民國70年(1981)安億橋興築，漁船無法循運河進入運河南街卸貨，2月13日臺南市漁市場遷往安平漁港設立臨時拍賣場。民國75年(1986)3月安平的兩處漁貨拍賣場合而為一，以至於臺南市區僅存一處漁市場了。自民國75年(1986)7月興工建漁市場，原預定76年(1987)春可完工使用，由於經費困難，實際到了民國81年(1992)底才可使用。
時至今日，魚市場的夜裡，供應漁貨者從四面八方聚集於此，一艘艘漁船停靠碼頭，漁夫們或養殖戶們將水產送抵市場，午夜時分進行交易，採用議價的方式交易，市場內魚商代銷魚貨，會衡定市場價格，可大盤批發，可零售單賣，直到清晨漁市方休。