在縣市合併之前，原臺南縣的肉品市場設於善化鎮台一線省道邊，原臺南市肉品設於安南區長和街。縣市合併之後，將善化與安南2處肉品市場的經營單位合併，由臺南市政府、市農會、區農會及南輝家畜肉品股份有限公司共同出資，於民國101年(2012)7月16日正式合併，各持股份，組織為「臺南市肉品市場股份有限公司」，然縣市合併前的狀況依舊保有，同時尚設善化區與安南區2處的市場營運。
臺南市區的家畜市場則於日大正11年(1921)年設立，位於鹽埕逢甲路(今西門路)，原稱牛畜市場，二次大戰期間由「臺南州農會」所承辦，改稱為「臺南家畜市場」，專做毛豬販賣。當時日本政府為了增產家畜調節獸肉與統制毛豬供給軍用，便由臺南州農會承辨，改由「臺南市家畜市場」。
家畜屠宰場原位在家畜市場附近，屠宰場設在下林仔建安市場附近，今大德街141巷一帶，早期人們習慣稱屠宰場為「豬灶」。之所以稱「豬灶」，是因為在專業的電動屠宰場成立之前，屠宰豬隻的地方必須設置大型爐灶，擺上大鍋子，用來燒開水為豬隻脫毛，故喚之。
民國37年(1948)改由臺南市農會與屠宰公會合辦，民國40年(1951)再依省府令進行改組，由臺南市政府與市農會組織「家畜市場管理委員會」合辦經營，租用位於逢甲路上（今西門路）舊舍空地，設立「臺南市家畜市場」，主要辦理豬隻買賣。
民國62年(1973)底，由家畜市場盈餘金撥款向臺糖購買和順寮段(五塊厝)之土地分別新建家畜市場與屠宰場。民國64年(1975)9月興建家畜市場，至民國68年(1979)家畜市場才遷移新址，與新建電化屠宰場合併，12月22日開始電化屠宰，改稱「肉品市場」，合併新型屠宰場成立全臺灣第一處肉品市場，開啟了臺南市區肉品市場的新氣象新紀元。
肉品市場仍由市政府與市農會合組管理委會經營，民國75年(1986)4月依照省府規定，籌畫改組成公司，民國76年(1987)3月經議會通過，正式成立「臺南市肉品市場股份有限公司」，由市長兼任董事長。；民國77年（1988）11月2日，臺南市議會召開臺南市肉品市場股份有限公司的股東協調會議，商定由臺南市政府佔股份70%，臺南市農會佔股份30%。
在安南區的肉品市場，以白豬為主，到場的豬隻品質精良。其拍賣時間於午後1點正式展開，採用電腦拍賣系統，晚上則進行屠宰後豬隻處理事宜。近年來，針對汙水與廢棄物都設有專業機器加以處理，並有汙泥之土壤乾燥，以減少對環境的衝擊，相當符合環保意識。