清朝時期，新港墘港、佛頭港、南勢港、南河港與安海港等五條港流經臺南的年代，水仙宮前的市集即漸成形，這兒曾是臺南商業活絡極盛之處，當時尚有五條港水道，廟埕前船隻來去，買賣盡在此，攤商販仔自然而然匯聚，盛極一時。
日治時代，水仙宮市場所在位置於日大正5年（1916）規劃町名改正時，原擬名「北勢町」，經臺南廳審查改為「水仙町」，後來確名為「永樂町」，此處為永樂町三丁目，所以名為「永樂町分市場」，於日大正7年(1918)興建竣工使用。終戰後，永樂町三丁目改為「長樂路」，所以這市場則易名為「長樂市場」，後來長樂路再改為民權路，市場還是以「長樂」稱之，但是臺南人還是維持的稱呼，將「水仙宮」等同於市場名字，直到近年來經過市場攤商爭取，終於正名為「水仙宮市場」，如此一來，方能貼近在地人習慣，透露著濃濃的時代氛圍，讓市場在水仙宮數百年間香火氤氳中，仍要延續古老市集的脈動。
終戰後，日本時代的永樂町一丁目改為「永樂路」，永樂町三丁目改為「長樂路」，水仙宮前的市集繼續發展，於民國48年（1959）臺南市政府在水仙宮西側廣場設立市場，稱為「長樂市場」，儘管長樂路再改為民權路，市場還是以「長樂」稱之；民國52年（1963）永樂街上興建了二層樓的樓房式市場建築，該市場即名為「永樂市場」(賊仔市)。換言之，日本時代的「永樂町分市場」，曾是「長樂市場」，亦是今日的「水仙宮市場」，而非目前臺南市政府所列冊的「永樂市場」。
目前水仙宮市場的範圍在海安路以東、民族路以南、國華街以西、以及民權路以北，兼具公有與民有，民有市場的部分靠近廟宇，屬於水仙宮所擁有；公有市場的部分位於北邊，其中有些攤位的土地權仍為廟產。
民國74年(1985)，夜間一場無名火，吞噬了水仙宮市場。事後，蘇南成市長當政的臺南市政府與攤商協調重建計畫，建築經費由攤商自行合力集聚資金，充當日後市場攤位租金的扣抵；民國82年(1991)，因開闢海安路，導致必須拆除水仙宮市場部分攤位，或多或少影響了水仙宮市場的發展。
數百年來，水仙宮市場向來攤商的生意強強滾，堪稱是臺南市區現存最為古老的菜場。