民國30年代，絕對能感受到友愛街面多麼車水馬龍！今友愛市場附近在日本時代設有神社，終戰後神社已頹圮不堪，傾倒後的空地則聚合許多攤商販仔，即成了市集，這個市集從永福路這頭，沿著友愛街，熱鬧蔓延到了昔日南都戲院一帶。市集越是繁盛，其隱憂就是交通在此打結，於民國36年(1947)臺南市政府在此開設新市場，5月1日開始收容盛場(後濱町一段)的路邊攤，友愛市場為終戰後首建之公營市場。  
民國41年(1952)臺南市議會提出修建友愛市場，於是在民國45年(1956)友愛街拓寬時，市政府即在忠烈祠附近規劃了個臨時市場，以預繳6年租金的模式招商興建，卻延宕多時未能順遂，直到民國58年(1969)，才出現一線契機。
因臺南市承辦第25屆台灣省運動會在即，當時的市長林錫山籌畫遷建忠烈祠，以整地興建大型體育館。當然，連同友愛街附近市集會一併處理，計畫新的友愛市場取代之，於是乎神社前空地的攤商移到檨仔林朝興宮的廟埕，演變成今友愛市場；而友愛街南都戲院附近的攤商則移到大溝頂，演變成今保安市場。
民國62年（1973）以預收租金方式第一次重建，完成地下室及一樓建築，9月開張營業。民國69年（1980）10月開工增建第二、三、四樓，民國70年底完工。
友愛市場蓋好了，攤商們從檨仔林朝興宮的廟埕再度搬回，全盛時期約有120攤，商機旺茂！友愛街是臺南舊城區頗為精華地帶，鄰近沙卡里巴、中正商圈、西市場，帶動友愛市場的買氣，市場對面盡是舶來品店，委託行，買氣強。
不過友愛市場一度規劃為收容民族路的流動攤販，無奈是傳統市場2樓以上一向不為顧客青睞，攤販亦不願配合遷入，故空間閒置，曾經還租借設有「友愛保齡球館」。
後來友愛市場已顯疲態，於民國98年(2009)獲經濟部補助經費，進行外觀美化工程，整體上招牌一致，市場視覺上新穎；此外，市場備有地下停車場供使用，目前還有警察婦幼隊在此地辦公。