本書史料的抄寫與翻譯來自西班牙賽維亞(Sevilla)印地安檔案館(Archivo General de Indias)所蒐集到的兩本手稿。內容由西班牙人Juan Via在1688年所彙整的馬尼拉海關記錄，其中與臺灣有關的文件共有六十六份。

這兩本手稿的書皮封面皆以羊皮紙包製而成。第一本馬尼拉海關記錄除了包含五十一艘來自臺灣的船隻登錄文件之外，尚有與臺灣有關的十份貿易文件，其中內含記錄四艘從廈門擬前往臺灣經商的船隻、五艘從日本擬前往臺灣的船隻，以及一艘可能是從日本返回臺灣的商船。這十艘貨船皆因天候不佳，中途遇暴風雨而進入馬尼拉。至於第二本海關記錄中所記載的臺灣船隻批示文件則可能是因非法入港而正在審理的案件，另還有四份文件內容皆屬於同一艘商船的申報記錄，此船擬從廈門前往大員卸貨，途中因天候不佳而停靠馬尼拉，文中包含船長申報貨品及海關人員檢查及估價貨品的經過。