關於北方澳，噶瑪蘭志略記載：「蘇澳，離城南四十五里，為蘭界東勢之盡頭。澳口即深水大洋，該澳內寬外窄，中有實礁鎖束，左為北風澳，右為南風澳，皆可避風湧。·····」北方澳在1975年海軍龍淵計劃，將北方澳劃入軍事重地，原200戶居民集體遷村，北方澳成為海軍中正基地。 原北方澳媽祖廟即現今南方澳進安宮媽祖廟前身，開基黑面媽祖隨全村漁民遷移南方澳，而原廟宇鎮殿媽祖，則留駐北方澳繼續護佑軍營，現存北方澳媽祖廟即由軍方負責維護早晚參香祭拜。 北方澳媽祖宮位處半山腰，與南方澳遙相對望、視野良好、跨海大橋、船隻進出均一覽無遺。而眼前中正軍港內各式大小船艦，亦在媽祖廟視野之內，媽祖不分軍民，一同庇祐，海軍大兵也將廟宇維護得清幽雅緻、一塵不染。媽祖護國保民，也庇祐巡航台疆海域的水手大兵，如同保佑海上漁民一樣。