南方澳長老教會緣起於一位虔誠的基督徒林王椪女士，她原在基隆擔任教職，1950年代嫁到南方澳後，領著家中成員接受洗禮，每逢主日便偕同幾位信徒至蘇澳教會參加禮拜，歷經一段時日，信徒漸增，得林泳泉長老同意在漁港路93號當時為米店的自宅開始聚會，後林泳泉長老再將位於南安路192號的自建房屋，提供給教友作禮拜堂用，並舉行教會的開設典禮，此為南方澳基督教會的肇始。 1964年至1966年間，南方澳教會因無專任傳教者牧會，每逢主日只得又暫時到蘇澳教會禮拜。後在林廷麟等人奔走下，教會購得民生路43號平房，成為新據所，1973年並附設南方澳幼稚園。一九八五年林泳泉舉家遷居，將座落於漁港路92，93 號二棟四樓之房地，全部捐獻給南方澳教會。這兩棟建築位於南方澳的第一漁港北岸，為價值不凡的黃金地段，其無私的奉獻，足見南方澳教會在當地基督教信徒心目中的分量和教友們對於教會的向心力。幾年後，教友們同心協力又出資整建，將其合併成為新的禮拜堂，於1997年的9月28日舉行獻堂儀式