北方澳媽祖廟即現今南方澳進安宮媽祖廟前身，目前媽祖即由軍方負責維護早晚參香祭拜。本廟的興建過程，據人類學者邱水金《清代蘇澳開發之初探》所載，本廟創建於1812（嘉慶17）年位於北方澳，即海寇蔡牽、朱濆先後竄泊之「賊仔澳」，原供奉在石窟內，道光年間改為木造小廟，此後北方澳人丁興旺，直至1962年將原廟宇遷至現今中正軍港內廟址。 北方澳媽祖宮位處半山腰，與南方澳遙相對望、視野良好、跨海大橋、船隻進出均一覽無遺。而眼前中正軍港內各式大小船艦，亦在媽祖廟視野之內，媽祖不分軍民，一同庇祐，海軍大兵也將廟宇維護得清幽雅緻、一塵不染。媽祖護國保民，也庇祐巡航台疆海域的水手大兵，如同保佑海上漁民一樣。