民國85年4月5日國華航空公司編號B-12257班機，由台北飛往北竿，在距離機場一公里處落海，6人罹難。次年8月10日，該公司編號B-12256班機，進場時撞上壁山失事，機上14名乘客及正副駕駛共16人全部罹難。這兩起不幸事件，都和機場設施有關。 頭一次空難發生後，北竿鄉親曾經發動抗爭行動，指出民航局不重視飛安，要求具體承諾立即改善。想不到事過一年，又發生第二次空難，而且情況更為嚴重，民眾無語問蒼天，對政府很失望。 戰地政務終止之後，馬祖各行各業迎向陽光，其中最受關注的就是台馬交通，而飛航則是改善交通重點，因此各界強烈要求興建機場，可是興建機場涉及很廣，需要時間，中央以北竿軍用機場應急。 北竿小型機場，原本是提供軍用輕型偵察機起降，設施有限，勉強用於民航機，各界很不看好，當悲劇發生之後，自然把矛頭指向民航局。由於兩次空難慘痛教訓，加速改善北竿機場及興建南竿機場時程，不過這種教訓未免太大了