早在清朝時期，東市場的所在地即在舊經口街一帶，搭建露天棚子就是生意場，鄰近城隍廟、嶽帝廟、辜媽廟等，廟口前總聚集著一群乞丐，出入市集，久之即稱作「夭鬼埕」，是一個販賣蔬果、魚肉等食材的什市。

日本時代，公設市場逐一興建，繼西市場之後，為了符合民生需求，考量到就近採買購物，於是臺南廳長擇定「經廳口街」附近原有之「第三元會境街魚菜市場」，當作初步設定的「臺南市場分場」，後來則於日明治42 年（1909）11 月興建了「東市場」。

日本政府興建「東市場」，其屋頂採用鐵架結構，其製工踏實穩固，一根鉚釘也不用，焊接得相當牢靠，至於洗石子的牆面時至今日亦斑駁保留，市場內的鋪位採用檜木作為材料。日本時代的東市場，早上是日本人的市場，下午才是臺灣人的市場。

日本時期東市場一片榮景，甚至為了飲食店設了兩行露店，且成為了交通重要樞紐，連帶的市場邊牛馬車擁塞，於是在山川台故地敷地，約有1000坪牛馬車繫留場，於日大正3年（1914）設立為「東市場分場」，即今日的「復興市場」。

東市場在二次大戰期間，飽受砲彈攻擊；終戰後，東市場依然興盛，市場內的人口越聚越多，甚至有遠從鄉下來到市區做生意的攤商，所幸住在市場內，把原先囤貨的閣樓改建，裝修成樓中樓，以竹梯居中，樓下做生意，樓上窩居生活。

民國60、70年代，東市場紛紛開設精品委託行，慢慢的醞釀出到東市場的消費客群，皆為經濟寬裕且出手闊綽的有錢人家，讓東市場是「好野人的市場」之名號不脛而走。

東市場老而彌堅，求新求變，甚是全臺灣第一個無菸市場，目前還積極步向現代化，一方面接軌國際，提升觀光效應，在市場內推行雙語環境，讓外國友人也能走進市場內，接觸臺南的庶民市場文化！另一方面，東市場亟欲脫胎換骨展現新形象，廁所乾爽清潔，停車場有專人指引，並設有舒適的休息區，植栽綠美化，牆面那3C視訊牆輪播著市場的點點滴滴，讓這號稱「阿祖級」的菜市場，充滿現代新科技點綴新意。