日治時期,臺灣總督府為灌溉小馬武窟地區,撥款進行山壁開鑿及溝圳挖築,並於馬沙林尼山開挖山洞貫通海岸山脈,興建暗渠,昭和4年(1929)完工通水,這條灌溉小馬武窟地區約135甲農田的圳路,當時被稱為「小馬埤圳」。後來為了改善泰源地區的進出交通,於昭和7年(1932)擴大原來的暗渠,成為可以通車的隧道,其長約230公尺、寬度約3.5公尺、高度約3.75公尺。二次世界大戰時小馬隧道也兼具附近居民防空避難之用。戰後一度改名為「泰源隧道」,但因其位於成功鎮小馬,早期又被稱為「小馬埤圳」,故正名為「小馬隧道」。
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