新靈寺的前身，是日治時期的「新港天后宮」。昭和7年（1932）新港漁港完成後，地方人士發起興建漁民守護神媽祖廟。於是舉推宋安邦、林阿番兩位為正、副主任委員，以及另外十二位委員，並經臺東廳核准，募捐3,000日圓為建廟經費。昭和12年（1937），新港天后宮落成。落成後成為新港人的信仰中心，居民習慣稱之為「大廟」。爾後因日本皇民化運動，被強佔改成為「佛教淨土宗新港佈教所」；光復後命名為「新靈寺」迄今。民國99年（2010）因老舊不堪而重新改建。