三峽長福巖祖師廟在前殿、中殿、後殿皆有設置藻井裝飾，台灣廟宇普遍將藻井設置在正殿與三川殿，三峽在地畫家李梅樹在重建祖師廟時，為了讓祖師廟更加氣派輝煌，便在廟宇頂部採用大量藻井。藻井裝飾是傳統建築結構中步驟較為繁複且費時的裝飾技術，必須必須經過層層細膩的雕刻，因此大量的藻井也成為了祖師廟不同於一般傳統廟宇的特色之一。

「藻井」為廟宇建築中的頂部裝飾，將廟宇頂部向上推展以便突出空間，形成如井一般，而藻井上有藻式花紋，故稱藻井。祖師廟正殿的藻井為螺旋狀，其有連續不斷之意象，故因此延伸出「香火不斷」之意。