三峽清水祖師廟（長福巖）八卦石窗位於正殿後方，總共2扇，單扇之長與寬為146公分。祖師廟由在地仕紳、知名藝術家李梅樹先生主持第三次重建，號召了眾多匠師參與，精湛的裝飾工藝，使得祖師廟素有「東方藝術殿堂」之稱。石窗上八卦圖案仿造自鹿港龍山寺，但龍山寺之八卦窗為木造，祖師廟則以觀音石為材，尺寸也更大。圖案上表現了「太極生兩儀，兩儀生四象，四象生八卦」的圖形，窗戶的四邊有4隻蝙蝠，「四蝠」設計取自「賜福」的同音，帶有避災祈福的吉祥之意。如果從正殿那頭看過來，石窗兩面的造型完全一致。