日治末期「皇民化運動」期間，其「寺廟總整理」實施禁毀道教措施，佛寺則同意保留。關山鎮民為確保天后宮的存在，增祀觀世音菩薩，迫不得已而將天后宮改名為「關山寺」來避免宗教浩劫，並在廟內供奉三寶佛，以求自保，但民間仍然在暗中祭祀，如期舉行祭儀。

戰後，臺東佛教支會擬接收「關山寺」並納入佛教系統。鎮民聞訊群起反對，由吳光亮起草敘明反對理由。一度導致佛、道信徒爭產之糾紛，後來經過協議，關山寺再恢復為天后宮，原天后宮的佛像、僧侶轉移到觀音媽廟，觀音媽廟則改為南山寺。

爾後，關山天后宮得以恢復原有面目，但因沒有組織及確實管理辦法，在無人主持下，先人所捐獻基地未申報所有權，而發生基地歸國有財產局的冤枉事。到民國52年（1963），發現因年久失修，牆壁龜裂，有倒塌之虞，由地方土紳吳光亮等倡議重修。民國53年（1964）開始發動樂捐修建，到民國59年（1970）終告落成，並於同年10月舉行建醮大典，才有今日的廟貌，在此期間臺東縣佛教支會擬接收該寺。