鹿野車站設置於日治大正11年（1922）4月20日，設鹿野驛。因站房在河床附近，常受水患，昭和2年（1927）曾受嚴重水災，因此站房及鐵道向西遷移，於昭和3年（1928）3月竣工。戰後，更名為鹿野車站。日治時期的木造站房持續使用至東線鐵路進行拓寬時，才被拆除改建為鋼筋混凝土站房。鹿野車站營運形態現為客運運輸業務，早期仍有貨運運輸業務，然而因公路日漸便捷，該區居民多已務農為主，無運送之大宗貨物，貨運日漸式微，因而自民國73年（1984）2月1日起停零擔貨運。鹿野車站配合「花東新車站運動」計畫，已於民國103年（2014）8月27日改建完工。保留車站既有規模，改造站體內空間品質，重新塑造鹿野在地風情。