現今臺東車站，為民國71年（1982）花東線拓寬改道工程完成後所設立，原站名為卑南站。民國80年（1991）12月16日南迴鐵路正式通車後，卑南站成為銜接花東線並作為客貨列車編組調車工作之總站，其重要性大幅提升。原臺東站（現為臺東轉運站及旅遊服務中心，習稱舊站），因南迴鐵路通車後，不在要道上，後來為卑南站取代。民國90年（2001）6月將原臺東站撤站，同年12月1日正式將卑南站改為臺東站，並進行新車站大樓之新建，地方習稱臺東新站，並將已撤站之臺東站稱臺東舊站。在「花東新車站運動」計畫推動下，臺東新站於民國102年（2013）月進行改建工程，主要在呈現海洋文化特色，並以地方自然素材、原生植栽配置，呈現臺東特有風情。