福慈宮前身係一以數塊石板搭蓋的小土地公祠，當地人稱為「長慶廟」，剛開始時，安座在今港口加油站一帶。民國46年（1957），因該地要建加油站，乃將福德正神遷到現址奉祀。民國52年（1963）9月，花蓮港升格為國際港，為配合國際港區及美崙新市區發展，乃由地方仕紳馬傳盛發起募捐，將位於港區附近的福德祠改建。民國56年（1967）農曆三月二十三日媽祖聖誕，地方仕紳迎接北港媽祖至花蓮，為花蓮祈福，並暫時搭蓋草壇以恭祝媽祖聖壽。新廟落成後，決定將媽祖與福德正神合祀，定名為「福慈宮」，並於該年農曆五月二十三日舉行安座大典。
漢人在花蓮的發展，不若西部有著數百年的步幅，留至今日之寺廟，更鮮少有百年者，或許花蓮的寺廟不若西部眾多寺廟古老，卻指出了花蓮人文空間發展的若干特徵，而這些特徵也是花蓮未來人文發展的重點。本文廟宇根據，係以花蓮縣政府民政局禮俗文物課「花蓮縣寺廟一覽表」中，有登記的廟宇為主。本計畫鼓勵共創共用，然使用時請尊重原創者文字本意，圖片亦請勿切割改作。