八七水災時，雲林、彰化一帶的災民遷到花蓮縣吉安鄉，原日治時期的軍用機場（南埔機場一帶），並前往北港迎請媽祖神像，至當地民家輪流供奉。聖南宮有三尊媽祖，其中一尊來自雲林縣北港鎮，另外兩尊來自西螺。民國75年（1986），地方經濟有顯著改善，有人興起蓋廟提議，因而有了一木造小廟供奉媽祖。聖南宮管理委員會執事首任主任委員為黃安存，第二、三任為李萬龍，李萬龍任內著手進行該廟重建募款構建工作，到了第四任主委曾新義已完成正殿建設，第五任由黃安存擔任，於民國84年（1995）12月14日（農曆10月23日），媽祖入廟，完成主神安座儀式，始有今日之規模。漢人在花蓮的發展，不若西部有著數百年的步幅，留至今日之寺廟，更鮮少有百年者，或許花蓮的寺廟不若西部眾多寺廟古老，卻指出了花蓮人文空間發展的若干特徵，而這些特徵也是花蓮未來人文發展的重點。本文廟宇根據，係以花蓮縣政府民政局禮俗文物課「花蓮縣寺廟一覽表」中，有登記的廟宇為主。本計畫鼓勵共創共用，然使用時請尊重原創者文字本意，圖片亦請勿切割改作。