豆長老表示，淨溪祭主要的用意在於保護溪流和水源，早期曾經有兩個部落因為水源問題生爭執，造成部落的衝突及不和諧，導致許多人發生不好的事情，為了平息紛爭以及消解厄運，大家決定舉辦祭典共同維護水源以及地方的平安。豆長老也提到，溪流並非特定族群所擁有，而是所有人都共同享用，也需要共同保護，因此淨溪祭有別於賽夏族其他祭典，開放給所有不同族群的人一起參加，也希望喚起地方及政府共同關注溪流及環境保育的重要性。

淨溪祭主要目的是對山神、水神的敬重，以前族人生活就是要祈求上山工作順利，民生的用水要乾淨，所以對山林與河流十分尊敬。 在淨溪祭的期間有一些禁忌要遵守，包括身體不適者不得參加、參加祭典前不能吵架、淨溪時不能三心二意、淨溪祭當天不吃魚類、不在河邊上廁所、完成淨溪後暫時不要到河邊等。