臺東衛戍病院坐落於臺東分屯中隊東側（約位於今日臺北榮總臺東分院附近），屬大日本帝國陸軍系統的醫療單位，主要病患都是因公受傷的病患，如果是一些當地才有的流行風土疾病的患者，則不會送至此處治療。日治時期臺東街上的大型醫療單位除了外還有臺東醫院。明治28年（1895年）日軍與臺灣反抗軍戰鬥時，正值夏季，氣候濕熱，霍亂、瘧疾、紅痢、傷寒、腸炎、腳氣等熱帶傳染病肆虐。日本政府在衛生環境差的臺灣，一方面著手改善環境衛生，另一方面則致力於撲滅預防傳染病，其中以鼠疫與瘧疾之研究防治效果著稱。