馬祖曾經大量飼養家禽畜牧，有專業生產，也有家庭副業。曾幾何時，這些高污染動物，已經不太容易見到了，馬祖環境獲得改善，軍民生活品質日益提升，這是馬祖最為響亮的環保成果，即使是台灣鄉村也做不到。 雞、鴨、羊、豬、牛，是馬祖主要家禽畜牧，早年政府積極推動專業生產，並且鼓勵家庭飼養，成為主要產業或副業。但是這些動物，造成污染。以雞鴨為例，過去多數放在家中飼養，影響環境衛生，而且容易發生傳染病，豬隻更為嚴重，糞便四溢，臭氣難忍，倒是牛羊在山上吃草，問題不大。 政府對此十分重視，頒布命令，一改過去鼓勵作法，進行管制，一般家庭必須圈養家禽畜牧，同時盡量遠離村莊，民眾飼養興趣逐漸降低，久而久之就不養了。 現今走進村莊，幾乎看不到家禽畜牧了，軍民所需肉品多從台灣購買，唯一倖存的是進口毛豬，暫時性餵養，等候屠宰。 馬祖環保工作得到中央肯定，經常得獎，這些榮譽來自軍民努力，其中家禽畜牧近乎絕跡，則是最大功臣。