新城社位於花蓮港廳花蓮郡研海庄。日治時期，日軍一連串討伐太魯閣地區原住民，引起彼此緊張對立。明治29年(1896)12月花蓮港守備隊新城監視哨士兵冒犯玻士林社(武士林社)的少女，引起太魯閣諸社普遍憤慨，在漢人通事李阿隆協助策劃下，和玻士林社頭目率領各社壯丁，將十三名日軍全數殲滅，史稱「新城事件」，也埋下了大正3年(1914)的「太魯閣戰役」的導火線。

監視哨及之後前往調查或戰鬥中死亡的日軍遺骸，一直被棄置於該地，直到大正3年(1914)5月31日展開的「太魯閣蕃討伐」後，才被花蓮港廳警務課長雨田勇之進收葬。當時於今洛亞方舟教堂後方廚房一帶先建一座小神祠，其後移往新城佈教所境內，但神祠因大正8年(1919)8月25日暴風雨倒塌，在鄉軍人會新城分會乃計畫設納骨塔；在得到贊助後於隔年9月5日動工，11月竣工，此即「殉難將士瘞骨碑」； 後於昭和12年(1937）在舊址西南側以鋼筋混泥土材質建造神社。
新城社於昭和12年(1937)10月鎮座，社格為社，祭神為開拓三神、北白川宮能久親王，例祭日則未被記載。

戰後，國民政府派官兵拆除新城神社，據說有官兵發瘋，無人敢使用這塊土地，民國45年(1956)由天主教花蓮教區購得該地，並於民國53年(1964)興建天主堂宿舍與船型教堂。目前新城神社仍保存昔日神社之平面配置，原拜殿及本殿處後改名為聖母園，原本殿處新增一座聖母雕塑像，另外內苑四周二葉松圍繞，環境清優，而左右一對?犬臺雖被鑲上聖母園、萬福源石板，但在?(?白)犬基臺後方還可見鎮座年代。八座石燈籠、兩對石製護靈獸?(?白)犬及日軍「殉難將士瘞骨碑」一座；並將手水舍改為涼亭使用。而原本神社的手洗缽也在同一時期搬至天主堂內改造成「聖洗石」。在新城村博愛路轉進天主堂方向，原有一座日式大型鳥居，但在與日本斷交後，民國68年(1979)由新城鄉公所將鳥居兩翼鋸斷，成了中國式牌坊。新城神社主體的鳥居則還保有兩座，最前面的一座上頭寫著「天主教會」，這兩座鳥居的兩側明顯多出兩根柱子，因當年新城鄉公所要將鳥居拆毀，戴宏基神父擔心具有歷史意義的遺跡遭拆除，不得不做此防護措施。